中共闽江大学纪委与福建省监委驻闽江大学监察专员办公室合署办公，下设闽江大学纪委（监察专员办）综合室、纪检监察室。综合室下设综合科和案件审理科，纪检监察室下设监督检查科和审查调查科。

部门职责分工如下：

纪委（监察专员办）综合室：主要负责日常综合事务、党风政风、案件管理、案件审理、问题线索受理等工作。

纪委（监察专员办）纪检监察室：主要负责谈话函询、监督检查、审查调查、问责处置等工作。